4种软件使用说明研究生课程.ppt

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1、遗传多样性分析遗传多样性分析 N NTSYSTSYS2.10 2.10 1 1、利用、利用Quantity OneQuantity One读带,有带记录为读带,有带记录为1 1,无带记录为,无带记录为0 02 2、数据准备:生成、数据准备:生成0-10-1矩阵矩阵ExampleExample:6060份荔枝龙眼材料的份荔枝龙眼材料的0-10-1矩阵矩阵3 3、利用、利用NTsys2.10NTsys2.10进行分析:进行分析:相似性系数分析:相似性系数分析:Similarity Qualitative dataSimilarity Qualitative data聚类分析:聚类分析:Cluste

2、ring SAHNClustering SAHN生成树状图:生成树状图:Graphics Tree plotGraphics Tree plot遗传连锁图谱的构建遗传连锁图谱的构建 J JOINOINMMAPAP3.0 & M3.0 & MAPAPC CHARTHART1 1、数据准备、数据准备ExampleExample:荔枝荔枝MSMS群体图谱数据群体图谱数据(1 1)txttxt文本的题头格式为:文本的题头格式为: name name 名称名称 popt = population type codes ( popt = population type codes (如如CP)CP) nl

3、oc=the numbers of loci nloc=the numbers of loci nind=the numbers of individuals nind=the numbers of individuals(2 2)位点的分离类型)位点的分离类型作图群体在引物作图群体在引物MG-AC-21上的分离情况(上的分离情况(abbc),),M为为20bp ladder marker作图群体在引物作图群体在引物MG-AC-85上的分离情况(上的分离情况(aab0),),M为为20bp ladder marker作图群体在引物作图群体在引物MG-AG-222上的分离情况(上的分离情况(ab

4、ab),),M为为20bp ladder marker作图群体在引物作图群体在引物MG-AC-203上的分离情况(上的分离情况(a0b0, a000 ),),M为为20bp ladder marker2 2、利用、利用JoinMap3.0 JoinMap3.0 进行连锁分析进行连锁分析新建文件:新建文件:File New ProjectFile New Project数据转换:数据转换:File Prepare DataFile Prepare Data:* *.loc.loc数据载入:数据载入:File Load DataFile Load Data位点分群:位点分群:LOD groupin

5、gsLOD groupings(treetree) Calculate Calculate连锁分析:连锁分析:Population Creat group forPopulation Creat group for mapping Calculate mapmapping Calculate map3 3、收集、收集* *.map.map文件,利用文件,利用MapChartMapChart构建图谱构建图谱ExampleExample:(1 1)单个连锁群单个连锁群 (2 2)连锁群配对连锁群配对QTLQTL分析分析 M MAPAPQTL5.0 & MQTL5.0 & MAPAPC CHARTH

6、ART1 1、数据准备:、数据准备:* *.loc.loc,* *.map.map,* *.qua.quaExampleExample:MSMS群体群体.loc.loc MSMS群体群体.map.map 1212个荔枝性状数据个荔枝性状数据.qua.qua 2 2、利用、利用MapQTL5.0MapQTL5.0进行数据分析进行数据分析新建文件:新建文件:File New ProjectFile New Project数据载入:数据载入:File Load DataFile Load Data数据分析:数据分析:Interval Mapping CalculateInterval Mapping Calculate数据整理:选取数据整理:选取LOD3.0 LOD3.0 的位点的位点 Example Example:MSMS群体群体QTLsQTLs数据数据3 3、利用、利用MapChartMapChart进行作图进行作图ExampleExample:MSMS群体群体QTLQTLThanks for your attentionThanks for your attention!

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