蛋白质体核心实验室.ppt

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1、實驗室簡史實驗室簡史 本校蛋白質核心中心於李英雄研發長的領導下建構於本校蛋白質核心中心於李英雄研發長的領導下建構於20062006年年1212月，李英雄研發長指出蛋白質體的研究是為了在醫學研究月，李英雄研發長指出蛋白質體的研究是為了在醫學研究上跟得上時代，這也是一項跨時代的突破，因為蛋白質體研究上跟得上時代，這也是一項跨時代的突破，因為蛋白質體研究層級是奈米層級的研究，了解蛋白質比了解基因更重要，所有層級是奈米層級的研究，了解蛋白質比了解基因更重要，所有疾病的發生都是導因於蛋白質的作用，了解蛋白質才能了解整疾病的發生都是導因於蛋白質的作用，了解蛋白質才能了解整個基因的結構，未來可應用於預防醫學

2、。個基因的結構，未來可應用於預防醫學。蛋白質體學啟動計畫分為三期同時或依序進行，每一期都蛋白質體學啟動計畫分為三期同時或依序進行，每一期都有明確達成的目標，第一期是先導期，目標為執行一百個蛋白有明確達成的目標，第一期是先導期，目標為執行一百個蛋白質體學相關的研究計畫，即所謂百蛋計畫，這項計畫的兩質體學相關的研究計畫，即所謂百蛋計畫，這項計畫的兩大終極目標就是要增進醫學先知及拓展臨床應用大終極目標就是要增進醫學先知及拓展臨床應用實驗室組織圖實驗室組織圖李英雄李英雄 研發研發長長韓至強韓至強 副研究副研究員員劉玉晴劉玉晴 助理研究員助理研究員廖欣儀廖欣儀 助理研究員助理研究員廖彣欣廖彣欣 研究助研

3、究助理理實驗室遠景實驗室遠景n近程:促進中國醫藥大學和院區各種有關蛋白質體分析的研究合作。n中程:透過生物醫學上蛋白質體分析於多方面的癌症研究，達到提升中國醫藥大學和醫院的研究及研究技能。n長程:利用新穎的蛋白質體分析技能，創造出新的生物資訊與研究領域。實驗室空間規劃實驗室空間規劃BenchBenchBench-80-80冰箱冰箱-20-20冰箱冰箱4 4 冰箱冰箱4 4 冰箱冰箱藥品藥品櫃櫃廖欣儀廖欣儀專任研究助理專任研究助理助理研究員助理研究員助理研究員助理研究員副研究員副研究員水水 槽槽廖彣欣廖彣欣劉玉晴劉玉晴韓至強韓至強倒立倒立 顯微鏡顯微鏡正立正立 顯微鏡顯微鏡PCPCUltrafl

4、ex TOF/TOFMASCOT資料庫資料庫PCLC-MassLC 樣品盤樣品盤收集系統收集系統RobotRobotRobotPCPC實驗設備儀器實驗設備儀器ultraflex III&ultraflex III TOF/TOFUltimate Performance MALDI-TOF&TOF/TOF Systems lsmartbeam laser technology combines Nd:YAG laser characteristics with nitrogen laser performance,a must for MALDI Imaging lHigh mass resol

5、ution across a broad mass range,delivered by the proprietary panoramic PAN technology.Optimum result without tuning or changing parameters lUnique T3-sequencing capabilities,allowing top-down sequence analysis on many intact proteins with ease lHigh-throughput analysis and sensitive detection of lab

6、ile protein modifications delivered by tunable laser speed from 1-200Hz 實驗設備儀器實驗設備儀器HCTultraThe ultra Performance High Capacity Trap lprotein identificationlprotein characterizationlde novo peptide sequencingldifferential proteomicslmetabolite profiling 實驗設備儀器實驗設備儀器PROTEINEER dpDigest&Prep Workstati

7、on PROTEINEER dp is an integrated workstation for gel spot digestion and processing including MALDI preparation,and thus automates the PROTEINEER workflow from 2D gel separation to mass spectrometric identification and characterization 實驗設備儀器實驗設備儀器PROTEINEER spIIAutomated Spot Picker The PROTEINEER

8、spII Spot Picker enables automated 2D gel imaging,spot detection and selection from 2D gels into 96 micro well plates.As part of the PROTEINEER system,the sp automates the Proteomics workflow from 2D gel separation to mass spectrometric identification and characterization.實驗設備儀器實驗設備儀器ClinProtRobot T

9、he ClinProtRobot automatically carries out all necessary preparation steps of the samples including the final spotting on the MALDI target,ready for MS analysis.All pipetting steps are performed by the robot without the necessity of user intervention thus providing highly reproducible mass spectra.1

10、.等電位點聚焦儀(Iso-electric Focussing；IEF):根據蛋白質等電點的不同進行分離，如:IPGphor(Amersham Biosciences)。2.二維電泳:依據蛋白質分子量的不同進行分離(如:HOEFER SE600 Ruby)。3.圖像分析:Coomassie、銀染或螢光染色等各種膠體的影像分析。4.PROTEINEER spII_Automated Spot Picker:膠體上的點以自動化機械手臂將點擷取。5.PROTEINEER dp_Digest&Prep Workstation:擷取後的點以自動化機械手臂進行in gel digestion。6.Clin

11、ProtRobot：尋找biomarker的自動化機械手臂。7.飛行式質譜儀(MALDI-TOF/TOF)：ultraflex III TOF/TOF8.液相層析質譜儀(LC-MS):ESI-Ion Trap MS(n)_HCTultra 9.Nano 2-D HPLC System with MALDI micro-Fraction Collector:PROTEINEER fc_LC-MALDI Fraction Collector10.資料庫(Data base):MASCOT(Intranet version of the internet search software from M

12、atrix Science)實驗設備儀器實驗設備儀器實驗室編制狀況實驗室編制狀況n主持人：李英雄 研發長n成員：韓至強、劉玉晴、廖欣儀、廖彣欣n共計：5人 實驗室主持人簡介實驗室主持人簡介 李英雄研發長於1969 年台大醫科畢業後於住院醫師期間開始涉獵心臟學。並在英國Midhurst Medical Research Institute 進修基礎心臟學研究。1976 年晉升為台灣大學醫學院講師及附屬醫院內科主治醫師。1977 年起李研發長到長庚紀念醫院擔任心臟血管內科系主任，並為長庚大學校院體系研發會主席。李研發長歷任長庚大學臨床醫學研究所所長、長庚紀念醫院副院長、長庚大學醫學院院長，並擔任中

13、華人民共和國中國科學院客座研究員，北京大學、北京醫科大學、上海醫科大學、中國醫科大學、揚州大學、成都中醫藥大學及福建醫科大學客座教授，學術研究橫跨海峽兩岸。李英雄研發長在臨床醫療工作領域上專精心臟導管術、冠狀動脈攝影術及臨床心電生理檢查。他是世界上首創以電極導管經主動脈到左心室紀錄His bundle electrogram 者。此外李英雄研發長也是中華民國電子顯微鏡學會的創會理事長，並曾連任理事長達10 餘年，現為該學會的榮譽理事長；而蛋白質核心中心在李英雄研發長的領導下建構於2006年12月，應運有關蛋白質體之研究是未來醫學研究之趨勢，希望結合學校與附設醫院相關之研究資源，提出100 個與

14、蛋白質體有關之研究計畫。研究主題研究主題nCMU95-149 CMU95-149 基因受損時，基因受損時，RPH1RPH1與與GIS1GIS1對對SACCHAROMYCES CEREVISIAESACCHAROMYCES CEREVISIAE的蛋白的蛋白質體分析質體分析nCMU95-303CMU95-303GLOBAL EPIGENETIC STUDIES OF ORAL CANCERGLOBAL EPIGENETIC STUDIES OF ORAL CANCER子計畫二：口子計畫二：口腔癌對組蛋種類和其蛋白質修飾的影響生物標記腔癌對組蛋種類和其蛋白質修飾的影響生物標記nCMU95-334CM

15、U95-334以蛋白質體方法探討病毒產肝炎及其併發症以蛋白質體方法探討病毒產肝炎及其併發症-肝纖維化及肝癌發肝纖維化及肝癌發之分子機轉之分子機轉子計畫一：以蛋白質體方法探討慢性子計畫一：以蛋白質體方法探討慢性B B、C C型肝炎型肝炎及肝纖維化之分子機轉及肝纖維化之分子機轉nCMU95-336CMU95-336以蛋白質體方法探討病毒產肝炎及其併發症以蛋白質體方法探討病毒產肝炎及其併發症-肝纖維化及肝癌發肝纖維化及肝癌發之分子機轉之分子機轉子計畫三：利用蛋白質體技術來分析肝癌組織的子計畫三：利用蛋白質體技術來分析肝癌組織的早期生物指標以及它的功能分析和作用用機制早期生物指標以及它的功能分析和作用

16、用機制實驗專長實驗專長nConventional proteomics approaches:2D-PAGE,In-gel digestion,MALDI-TOF/TOF,nanoLC-ESI-MS,data processing and analysis nClinical proteomics technologies such as magnetic-beads MALDI-TOF,MALDI mass spectrometric imagingnBioinformatics and software technology:multivariate statistical analysis,clinprotools,principle component analysis,self-organizing map and hierachical clustering analysis過去研究領域過去研究領域nVarious cDNA microarray development;functional genomics/proteomics research in the area