蛋白同源建模及分子对接.ppt

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1、蛋白同源建模及分子对接以CueO蛋白为例基本策略 建立模型:Swiss-model、Modeller 模型检测:Save 模型优化:Chiron 再次检测:Save 分子对接:Autodock序列与模板相似度,30%模板可用GMQE(Global Model Quality Estimation)是一种基于目标模板对准结合性质的质量估计,数值在0-1之间,越接近于1表示模型越接近实验结果。Swiss-model同源建模QMEAN(Qualitative Model Energy Analysis)QMEAN对模型的质量估计是基于蛋白模型的局部和全局计分,包括四个结构描述符:All atom:成

2、对原子距离依赖性电位C-:C-相互作用势能Solvation:残基包埋情况Torsion:扭转角分布蛋白模型 局部(每个氨基酸)Z-scoreZ-score在pdb数据库中所有蛋白中的分布Modeller软件 Modeller是一种用Python语言编写的,可用于本地建立分子模型的软件。然而,很多人并不熟悉Python语言,因此有人编写了一个Moldoller的GUI界面的软件Easymodeller,Easymodeller科用于简单的单模板建模。目前Modeller最新版本为9.16 Easymodeller 最新版本为4.0。与在线建模软件相比,Modeller还可进行模型的修饰、多模版

3、建模等操作。Easymodeller建模确定模板NCBI blast,blastp选择pdb数据库,identity30%模板可用。也可用Swiss-model来寻找合适模板。Easymodeller界面粘贴序列添加模板,3-10个建立模型以4e9q.A为模板,建立了CueO的蛋白模型,左图为不含有铜辅基的模型,右图为含有4个铜辅基的模型。铜离子蛋白模型的检测与评价以Swiss-model构建的CueO模型为例Swiss-model构建的CueO的蛋白模型SAVE网站评估蛋白模型Procheck红色:核心区域黄色:允许区浅黄色:大致允许区空白:禁阻区ERRATverify3dProve结果总结

4、一根据SAVES的检测结果,需要局部优化的部位如下:Procheck:位于 gener区域的残基。ERRAT:错误建模区域(置信度高于99%),残基集中于140160,300320,400420之间。Verify3d:得分90%ERRAT Overall quality factor83.570 60.042 接近91%Verify3d Averaged 3D-1D score0.287.45%89.5%80%Prove Z-score average1.392.11-0.10 0.10Z-score RMS31.8338.131.0Autodock 4.0分子对接 受体:以Swiss-model构建的CueO模型为例,未经优化。配体:文献中所给出的CueO的底物之一二乙醇胺(Diethanolamine)准备受体和配体CueODiethanolamineGrid box参数设置分子对接结果展示待解决的问题 1.蛋白模型的评估还需完善。2.蛋白模型的优化:因为在线网站Chiron的优化效果并不好,所以在查阅文献后,拟用本地软件olex2进行局部优化。3.分子对接的评价。4.为确定酶底物,最好补充一个虚拟底物筛选试验,拟用Autodock Vina软件完成。

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