pymol教程.docx

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1、PYMO1.用户指南书目一、鼠标操作入门5这个数字是号留圾CD1 .启动5D通过鼠标52）通过吩咐行52 .PyMO1.窗口61）Virewer胸口62）外部GUl窗口73 .下载PDB文件84 .操控视图9D基本鼠标限制92）虚拟滚动球旋转103）移动裁面114）变更旋转中心点125）简洁回顾12二、吩咐行操作入门131 .记录结果132 .载入数据133,操控对象（ObjeCt）141）原子选择162）对象和选择的着色183对象和选择的onoffl94 .变更视点205 .保存工作21D脚本和日志文件212）图像文件223）会话文件236 .吩咐行快捷键231）用TAB键完成吩咐232用T

2、AB健完成文件名243）自动推理247 .其他吩咐和帮助25注：页面背处和页脚的图像分别是IGCI、IIID的CarWon显示三、吩咐句法和原子选择251 .语法25D选择表达262）原子选择命名263）单字选择符4属性选择符305）选择代数336）宏指令362 .从PyMo1.中读取Python38四卡通表示391 .背景39D可达性392）美化和精确402 .定制化43D卡通类型432）精致螺旋463 .二级结构归属47五、光线追踪481 .肃要设置492 .保存图片50六、立体效果511 .支持的立体模式512 .制作立体图片513 .相关吩咐51七、动画521 .概念522 .重要吩咐

3、531) 1.oad2) Mset3) Mdo4Mmatrix3 .简洁举例554 .困难举例555 .搐览ray-traced动画图片551) CacheJrames2) mclear6.保存动画56八、高级鼠标眼制571. 选择原子和键572wpkw原子选择的应用举例583 .“1b”和“rb”选择584 .构象编辑59九、晶体应用591.晶体对称性591) 1.oad2) Symexp2.电子密度图601) 1.oad2) Isomesh和isodot范编图形对象(CGO)和Molscriptribbons611 .简介612 .Molscriptribbons621)1.oad2)Us

4、ingMolscript4.CGO参考64/本教程以上Wusersgu/de为蓝本翻译而来，并引用其他资料。,本教程只介绍3yMO1.在windows系统卜的应用，本教程以edul1版本的PyMo1.为准，大硬盘中有此软件而没仃深化讲解本教程是PyMO1.的入口教材，故相关问题只是简洁:,如你有疑问者深化探讨，可通过输入吩咐help,查PyMO1.吩咐，陆PyMO1.wiki()询问他人等途径解决疑难教程极少的吩咐可能在你的PyMO1.上运行不了,大多是版本问许问水平力限，可能,不、甚至i误之处，敬请指正!,教程不断更新，新版以文件，和页眉的日期为准.一、鼠标操作入门打开起先菜单，在程序或全部

5、程序中找到PyMO1.并单击。在WindOWS下，打开文件和脚本有多种吩咐选项。窗口，全部的3D图形在此展示，并且用户可干脆操纵这些图形。MouseMatrix关NamesPane/IndicatorPyMo1.的VieWer曲口和内部GUl（默认）窗口内右边的内部GUl可运用户对特定对象（object）和特定原子选择（atomselection留意：原子选择是用户选择了的原子、残基、施、片段、对象等等，Wobject而言）进行操作。从上到下，内部GUl包括对象列表、鼠标按钮配制矩阵、结构指示器和一套VCR（动画限制窗口底部还有一个附咐输入区。在VieWer窗口也能查看PyMO1.的文本输出（

6、textoutput）,任何时候都可以按ESC在文本输出和图形模式间进行切换。VieWer完全可以自己运行，它拥有PyMO1.核心系统的全部功能。假如想这样的话，完全可去除吩咐和内部GU1.通过标准菜单和限制，很多任务能更简洁高效的完成。在外部GUI可以找到绝大部分的功能选项。载入Pdb文件后的PyMo1.4.操控视图在PyMo1.中，鼠标是主要的限制设备，键盘的修饰按健(SHIFT,CTR1.,SHFIT+CTR1.)在调整按钮操作时运用。为有效运用PyMO1.,建议选择带有三个按键的鼠标。鼠标的滚动轮的可当做中键运用。下表是基本的鼠标按钮和键盘结合的操作功能:键盘鼠标左键中健右键旋转图像（

7、虚拟滚动球rotate）在XY上移动图像（translate平W在Z上移动图像（zoom变焦）Shift移动裁面CtrlShift+Ctrl回到旋转起始虚拟滚动球虚拟滚动球如同在视野中有个可见的球。当你在屏幕点击拖拽时，似乎你的手指按在r球上进行相像的操作。假如在球体外点击拖动,仅能在Z轴上做环形旋转；在球体上点击拖动就能在XY面上旋转。面是在分子前后想象中的,F面。豉面外的分子部分将会被切除，从而显示出内部在困旌或大分f中截面特别存用。ClippingPlanesaFronthitheryon事面示意图（hither这边的近处的，yon那边的远处的）PYMo1.的截面限制须要鼠标和键盘结合，

8、如下图示：SHlFT+右键，当鼠标上下拖动时会调整前截面，左右拖动时调整后截面。假面的限制，变更任何感爱好的原子为选旋转中心。二、吩喈行操作入门此部分介绍典型常用的吩咐，吩咐语法的具体内容见PYMO1.吩咐。PYMO1.语言是事务敏感的(case-sensitive),但是前一个事务不能应用到当前的吩咐中，所以谨记均定要对下一个事务输入必要的吩咐。1 .记录结果当在PYMo1.上操作时，假如想记录F完成的操作步骤，可创建一个日志文件(log-file)：语法IOg-OPCnIog-例如PyMO1.log_opcnlogl.pml无论是输入的还是点击的吩咐都会记录在log-file中。文件扩展名

9、是“.pml”，这样可以把文件作为脚本在新会话中打开。输入IOg_CloSe吩咐可以停止记录，假如不输入此吩咐，日志文件会始终记录存盘直到关闭PYMO1.0假如仅想保存PYMO1.当前的状态而不关切操作步骤，可创建一个会话文件(session-file)02 .载人数据hiderepresentationhiderepresentation例如PyMO1.hidelines#以lines显示的对象消逝Pj,MO1.showsticks#以sticks显示的对象出现其他的表示形式还有cartoon,ribbons,dots,spheres,meshes和surfaces等（见“表示形式”）。当用

10、吩咐ShOW时，新的表示形式出现，但原来的表示形式不消逝，特别恼人，可用下面的吩咐解决这个问题：语法asrepresentation例如PyMO1.assticks#不论原来显示多少种表示形式，吩咐后只显示sticks一种在显示有配体存在的对象时，有时显示不出配体，可通过穴面方法解决：例如fetchIbiw#载入对象Ibiw,它有一个配体ascartoon#配体存在但却没被显示然后通过鼠标操作，点击内部GUl的S菜单organicspheres,就可以看到配体了。PYMO1.可同时呈现多个对象。disable和enable吩咐可以消退对象的显示，但仍能够通过吩咐限制它的质性。语法enableo

11、bject-name例如PyMO1.load$PyMO1._path/test/dat/fc.pdbPyMO1.load$PyMO1._path/testdatpept.pdbPyMO1.disablepept#pept完全从VieWer中消逝PyMO1.coloryellow,namec+o+n+ca#在fc和pept中的主傩原子都被者为黄色，但是PePt的原子仍旧是不行见的。PyMO1.enablepept#PePt原子可见了并显示为黄色通过disable吩咐可以删除命名选择时出现的粉红点(pinkdots)：语法disableselection-name例如PyMO1.selectbb,

12、namec+o+n+ca#选中的原子在VieWer中以pinkdots显示PyMO1.disablebb#PinkdOtS消逝，命名选择bb仍可见会话中保存定向。5.保存工作PyMo1.保存工作的种种过程：1.在给出一系列吩咐前，启动进程把吩咐记录在纯文本R志中，并作为脚本运用。2.在会话的任何时候，都可以创建一个会话文件保存程序的内存状态，供以后调用此状态。3.创建图形文件保存VieWer中的图像。PyMO1.的脚本只是个文本文件，如日志文件，它由被问车分隔的吩咐行组成.当PyMO1.载入脚本时，其中的吩咐就会被执行“PyMo1.脚本文件的扩展名是“.pml”，虽然此扩展名不是严格要求的，但

13、也是最好的选择。你可以把口志文件当脚本运用，也可以在文本编辑器如emacs,jot或notepad创建脚本。当在单独的街口运用PyMo1.时，打开文本编辑器往往特别有用，吩咐就可在这两个程序间复制粘贴。你可以输入吩咐1。&_。Penlog-或点击“File”菜单的“log”创建新的日志文件。你也可以在“File”菜单选择“append（附加）”或“resume（维新起先）“，把吩咐行写入现有的日志文件中。假如点击“resume”，现有的日志文件是第一次作为脚本载入PyMo1.,随后的吩咐会写入此文件。一旦你创建日志文件，PyMo1.将会记录保存全部的吩咐信息，不论是输入的吩咐还是点击的按钮，但

14、是，为了把分子的定向保存在日志文件中，需输入吩咐gejview或运用GUl按钮。在会话中gejview很便利，随后可编辑口志文件选择最好的定向。WindoWS系统下，可以双击脚本图标，点击“File”菜单的“Run”选项或者输留意：图片的大小是随viewer曲口的大小而变更的。假如想返回到PyMO1.当前的状态，可通过创建会话文件实现(点击FiIe菜单中的SaveSession,命名以fpse为扩展名的文件)。PyMO1.的会话文件是对PyMO1.存储状态的符号记录，包括栽入或创建的对象、创建的选择和VieWer中的显示。当打开保存的会话文件，PyMO1.会返Iq到保存的状态。因为一个会话文件代表了个存储状态，所以打开个会话文件意味着当前PyMO1.存储的全部东西都会被清除并被来自会话文件的存储状态替代C会话文件和口志文件或脚本有很多不同。口志文件必需在你想保存给出的吩咐前创建，而会话文件可以在任何时候创建.会话文件通过FiIe菜单的OPen选项调用，而日志文件被作为脚本通过RUn选项启动。会话文件不能被人工编辑，而口志文件和脚本却可以。在PyMo1.会话中，关犍点上创建会话文件是个好办法，例如当你确定探讨(explore)多种选项时。通过这种方式,会话文件可被用来替代PyMO1.